O Conselho Fiscal é poder autônomo de fiscalização e acompanhamento da administração e gestão financeira da CBTM.
A Assembleia Geral Eletiva escolhe três membros efetivos e três suplentes para o exercício da função de conselheiro fiscal. O Conselho Fiscal, mandato 2023-2026, é formado pelos seguintes membros:
| TITULARES | SUPLENTES |
| Marlene Rodrigues de Oliveira | Anderson Rossi Soares da Silva |
| Nathani dos Santos Marques | Ivo Solanho |
| Alba Denize Nepomuceno Saldanha | Cargo Vago desde 16 de junho de 2024 |
